Protein PagC & Interaksi LPS

Media Pembelajaran Interaktif Biologi Molekuler

Apa yang Ditunjukkan Gambar Ini?

Gambar ini mengilustrasikan struktur dan mekanisme kerja protein PagC, sebuah protein membran luar (outer membrane protein/OMP) berbentuk beta-barrel yang tertanam dalam membran luar bakteri gram-negatif (Salmonella). Gambar ini juga menunjukkan bagaimana PagC berinteraksi dan membentuk kompleks stabil dengan lipopolisakarida (LPS).

Struktur PagC dan LPS
Gambar 1. Interaksi molekuler antara Protein PagC dan LPS pada membran luar bakteri.

Komponen-Komponen Utama

  • Membran Luar Bakteri (Asimetris): Terdiri dari Outer Leaflet (LPS) dan Inner Leaflet (fosfolipid).
  • Struktur LPS: Lipid A (jangkar hidrofobik), Inner Core & Core Oligosaccharide, dan O-antigen (rantai panjang).
  • Protein PagC Beta-Barrel: Struktur silinder teal berbentuk tong dengan 4 loop ekstraseluler (EL1-EL4).
  • Residu Asam Amino Penting: K13, K64, K68, R21, K96, K100, R117, K150. Residu bermuatan positif (K/R) berinteraksi elektrostatik dengan fosfat negatif LPS.
  • Ion Logam Divalen: Ion Mg²⁺ (magenta) berfungsi sebagai jembatan ionik untuk stabilisasi.
  • Stabilized PagC-LPS Assembly: Rasio 1:7 (satu PagC dengan tujuh LPS).

Proses Kerja / Mekanisme

  1. Penyisipan PagC: PagC tersintesis dan disisipkan ke membran luar.
  2. Interaksi dengan LPS: Loop EL dan residu positif berikatan dengan fosfat LPS.
  3. Stabilisasi Ion Logam: Mg²⁺ menjembatani ikatan.
  4. Pembentukan Kompleks: Terbentuk kompleks stabil PagC:LPS (1:7).

Simulasi Interaktif: Mekanisme Kerja

Gunakan tombol di bawah untuk mensimulasikan langkah-langkah pembentukan kompleks PagC-LPS pada membran bakteri.

Klik "Mulai" untuk memulai simulasi.

Evaluasi Pemahaman

Jawablah 10 pertanyaan berikut untuk menguji pemahaman Anda tentang materi.

1. Protein PagC termasuk dalam kategori protein apa?
2. Apa fungsi utama dari residu asam amino Lisin (K) dan Arginin (R) pada PagC?
3. Lapisan luar (outer leaflet) membran bakteri gram-negatif tersusun atas...
4. Bagian manakah dari LPS yang berfungsi sebagai jangkar hidrofobik di dalam membran?
5. Ion logam divalen yang berperan sebagai jembatan ionik adalah .
6. Rasio stoikiometri kompleks stabil PagC terhadap LPS adalah .
7. Struktur PagC yang menembus membran berbentuk seperti tong disebut struktur .
8-10. Cocokkan istilah dengan fungsinya (Tarik kotak kuning ke kotak abu-abu)
Beta-barrel
Mg²⁺
Rasio 1:7
Bentuk struktur PagC
Jembatan ionik stabilisator
Komposisi akhir kompleks